Atribui-se a D. Nuno Álvares Pereira (1360-1431) a fundação material da linhagem e da Casa de Bragança, a quem todos os seus descendentes directos recorriam para legitimar e perpetuar, quer o património e bens herdados, quer a singularidade da própria linhagem.
Nuno Álvares Pereira casou aos 16 anos com D. Leonor de Alvim, possuidora de “boas rendas e cabedal” entre Douro e Minho. Desta união nasceram dois filhos e uma filha, mas só D. Beatriz sobreviveu, sendo a responsável pela continuação da linhagem.
D. Beatriz, apesar dos diversos pedidos de casamento por parte de ilustres fidalgos, alguns de origem castelhana, casou com o filho bastardo de D. João I e de D. Inês Pires, D. Afonso. Para D. Nuno Álvares Pereira, o objectivo central do casamento da sua filha era a constituição de uma Casa Senhorial que perpetuasse a sua linhagem e memória.
Da união de D. Afonso e D. Beatriz nasceram três filhos: D. Isabel, D. Afonso, e D. Fernando. D. Beatriz morreu entre os anos de 1409 e 1414.
D. Afonso casou-se novamente, desta feita com D. Constança de Noronha que pertencia, pelas linhas paterna e materna, à linhagem dos reis de Castela e de Portugal.
O título de Duque de Bragança foi criado em 1442 pelo regente D. Pedro a favor do seu meio-irmão D. Afonso, 8º Conde de Barcelos.
O poder da Casa de Bragança veio a ser suprimido por D. João II, mas em 1496, o Rei D. Manuel promoveu a reabilitação da dignidade.
As linhagens da Casa de Bragança ascendem ao Condestável D. Nuno Álvares Pereira e a D. João I (se bem que por via bastarda). A legitimidade da primeira via associada à consanguinidade com a família real, assegurou à Casa de Bragança grandes privilégios na hierarquia nobiliárquica e poder económico e político.